對 macOS High Sierra 和 iOS 系統來說，蘋果全新 APFS 檔案系統帶來很多效能和功能改進。不過在 Mac 電腦上，APFS 檔案系統完全不相容傳統機械硬碟。此外，在發表之初，APFS 可能也不相容 iMac 的 Fusion Drive 混合硬碟。
蘋果在 8 月 21 日分享的支援檔案中，提到安裝閃存或 SSD 儲存的系統會自動升級為 APFS 系統，用戶無法選擇不轉換檔案系統。在這份檔案中，蘋果還提到機械硬碟和 Fusion Drive 並不相容，無法手動升級轉換。
目前還不清楚 APFS 不相容非閃儲存存媒體是暫時還永久。最新 macOS High Sierra 測試系統中，明確提到內建 3TB Fusion Drive 的 iMac 電腦不支援 APFS。
測試過程中，APFS 仍然相容 HFS+ 檔案系統。格式化成 HFS+ 檔案系統的裝置可格式化成 APFS 裝置進行資料讀寫。格式化稱 APFS 的 SSD 也可被格式化稱 HFS+ 檔案系統的裝置讀寫，系統要求為 macOS 10.12.6。
只有 High Sierra 可透過 APFS 檔案格式的分割區啟動，此外，Boot Camp 不支援讀寫 APFS 割區。蘋果 APFS 檔案系統將伴隨 macOS High Sierra 正式發表而廣泛部署，APFS 的優勢很多，包括即時檔案複製、整體速度提升、讀寫作業提升等。
