科學家完成爪哇（Java）咖啡的基因組定序，除了能改善咖啡的口感，更為遺傳工程開啟一扇窗，能因應頻繁的蟲害與天然災害進行咖啡豆品種改良，更能生產無咖啡因的咖啡豆。
由 60 多位科學家所組成的研究團隊為羅布斯塔種咖啡（Robusta）基因組進行定序，此咖啡通常用於產製即溶咖啡與罐裝咖啡，為全球第二大品種咖啡，產量佔全球咖啡生產的 30%，僅次於風味多變的阿拉比卡咖啡（Arabica），研究團隊目前正為阿拉比卡進行基因組定序。
科學家在羅布斯塔種咖啡的 11 對染色體中發現許多重複的基因，包括生產咖啡因的基因，他們認為這些重複的基因能促進咖啡因與功能性蛋白的生產；另外科學家還發現，咖啡中生產咖啡因的基因位於一個獨特的群體中，與可可和茶的基因位置不相同，意味他們的祖先可能不相同。
紐約州立大學水牛城分校（University of Buffalo）的植物基因專家艾柏特（Victor Albert）表示，咖啡中的咖啡因不只存在於咖啡豆，葉子裡更多，這種生物特性對咖啡生長有助益，因為蟲子不喜歡咖啡樹的葉子，而不再啃葉子，但蜜蜂喜歡，於是更努力的來回授粉，就如同人類為了喝一杯好咖啡來回奔波一樣。
基因轉殖作物爭議大
咖啡豆可說是全球經濟價值最高的農作物，全球每天喝掉約 22.5 億杯咖啡，光 2013 年就生產超過 870 萬噸的咖啡豆，是許多熱帶、亞熱帶國家的經濟命賣，這些國家從事相關工作的人數約數百萬人，每年的咖啡生產和出口價值數十億美元。
當咖啡的基因組公布後，就可藉由基因轉殖的方式生產無咖啡因的咖啡，可免除提取咖啡因的過程。但咖啡的純粹信仰者討厭這些基因轉殖咖啡豆，甚至以暴力方式威脅種豆農民，2005 年法屬蓋亞那的抗蟲害轉殖基因咖啡園遭人破壞，2008 年夏威夷的 Kona 咖啡農成功遊說當地政府，禁止種植轉殖基因作物，因為這些「不純」的咖啡豆會損害他們的聲譽與議價的能力。
然而許多專家認為基因轉殖是咖啡豆抵禦全球氣候變遷、病蟲害的最好方法，星巴克、雀巢等公司以經開始進行相關的研究，雀巢並開發出較強壯的品種，並承諾到 2020 年將分發 2.2 億株的咖啡豆供農民種植。康乃爾大學的世界咖啡研究中心為 1,000 株衣索比亞品種進行定序，之後將用來與阿拉比卡咖啡進行雜交育種，以生產能抵禦病蟲害的新品種。
（首圖來源：David Joyce CC BY 2.0）
