Omicron 變種又讓人們繃緊神經，現在科學家想知道，人類受病毒影響已經一年多，且疫苗施打速度也在加快，這種變種到底從何而來，現在眾說紛紜，愈來愈多科學家指向這種變種可能是在非人類動物物種體內進化，可能是囓齒動物，且進化了一年多。
據《科學》報導，許多科學家認為變種可能是在免疫功能低下的人身體進化，原因是免疫功能低下的人會感染新冠病毒 (COVID-19)，且容易發展成慢性感染，在這種情況下，無法清除體內病毒，讓它繼續繁殖，就有機會發生許多突變。有證據顯示 Alpha 變體可能以這種方式突變，但仍不確定 Omicron 是否也循相同路徑。
科學家懷疑的論點是逃避免疫系統的變種，確實會在免疫功能低下的人身上發展，但這種病毒在現實世界的適應度非常低，比較無法在人與人之間傳播，兩者的突變方向並不一致。因此科學家推測，可能是 2020 年中左右動物感染病毒後，一年多來在動物體內積累愈來愈多突變，然後再感染到人類。
科學家如此推測的理由是 Omicron 很久以前就與其他 SARS-CoV-2 變體發生分歧。Omicron 攜帶可讓變體感染囓齒動物的 7 個突變，但其他令人擔憂的變種如 Alpha，僅攜帶 7 種突變的一部分。Omicron 還攜帶一系列任何版本 SARS-CoV-2 都沒有發現的突變，一些科學家當作變種出現在動物宿主的潛在證據。
亞利桑那大學 (University of Arizona) 進化生物學家也懷疑動物被慢性感染，可能會推動有許多突變的新變種出現。英國牛津大學 (University of Oxford) 進化生物學家考慮到現在有這麼龐大數量的人類被感染，也擔心動物宿主可能是病毒隱藏點。
德國柏林夏里特大學醫院 (Charité – Universitätsmedizin Berlin) 的病毒學家認為，Omicron 起源不會是在南非，南非有進行大量病毒測序，而是在冬季發生在南部非洲其他地方，他認為，如果變種沒有出現在動物或免疫功能低下的人，Omicron 可能首先出現在病毒監測較差的人群，代表可能傳播和進化一年多而沒有注意到。
但蘇格蘭愛丁堡大學 (University of Edinburgh) 進化生物學家不認同這樣的說法，他說要在沒有監測的人群進化，代表這群人必須非常孤立，他說不確定世界是否真有足夠隔離的地方。
瑞士伯爾尼大學 (Universität Bern) 病毒學家表示，Omicron 與數百萬公開共享的 SARS-CoV-2 基因組如此不同，很難確定最近親屬，他也認為這種變種可能很早就與其他菌株發生分歧，可能可追溯到 2020 年中期。科學家說，「Omicron 顯然不是從早期關注的變體之中開發，如 Alpha 或 Delta。相反地，似乎是平行進化，且是在黑暗中。」
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