由於蘋果本身對系統掌控度要求高，對應用軟體也有諸多限制，必須跟隨著其嚴格使用規範的軟體方能在App Store中上架，在嚴格的審核控管下，App Store上的軟體公認在品質一致性與穩定性較佳。不過也因為蘋果不允許使用非官方API、不准動用到系統核心功能，導致許多有創意的軟體、輸入法與布景主題等使用者喜愛的軟體都不能在iOS上使用。

也正是這個原因，在iOS應用也就出現了JB（JailBreak；越獄）的行為，也就是擺脫蘋果對軟體的掌控，而各式不為蘋果所通過的軟體也有其自有的App Store，也就是Cyndia。JB讓使用者與使用者得以突破蘋果的限制，發揮iPhone、iPad更多的潛能，甚而成了蘋果為iOS改版的「參考」來源之一。

也因為擺脫了控管，不可否認這也為破解盗版軟體開了一扇門，讓JB蒙上了一層盜版推手的惡名。不過根據目前亟力尋找iOS 6 JB方式的駭客近來紛紛表示，要在iOS 6中達成JB難度愈來愈高，甚至變得不可能，駭客 i0n1c就表示即將釋出的iOS 6.1中增加了更嚴格的保護，整體的安全性又再度往上提升。

但還是有駭客覺得最終還是有機會在iOS 6.1中達成JB，只不過需要時間來達成，或許iPhone上的iOS 6還有機會JB，不過對廣大的iPad使用者而言，iPad的JB可能會變成一個難以達成的夢想了。

因為新版本的千禧年數位版權法雖然保障了iPhone JB不違法，但並不包括平板電腦，而新版本的落實時間為2013年1月，也就是說iOS 6在iPad上的JB幾乎已難達成，因為只要再過幾天，對iPad JB將成非法的侵權行為，眾多iPad玩家使用者聽到這消息恐怕會難過不已吧。

Update：各方高手努力下，iOS 6.1 JB 工具即將釋出